麝香鼠陸地棲居，在水中能游泳和潛水，是半水棲的獸類。多起居在蘆葦、香蒲等挺水植物叢生、水流平緩、適于筑窩的江灣、河汊、淺水小湖塘(水深約0.3-1米)及常年積水，有池塘(俗稱"水泡子")的沼澤甸子中。土質適宜于筑洞的岸邊，就筑洞;難以筑洞的地區，如葦塘或沼澤地，就筑巢。

麝香鼠常棲居在低洼地帶、沼澤地、湖泊、河流、池塘兩岸，這些地方水草茂盛，環境清靜。它們的洞穴主要分布在岸邊，在淺水的蘆葦和香蒲的草叢中，也有的在水上飄筏的物體上筑巢。洞穴是分枝的，有許多盲道分叉，其中有幾個糧倉，貯存飼料并有幾個通道直通向有水的地方。

麝鼠的形態雖適宜游泳和潛水，但在陸地上，卻移動極不靈活，因此它們多在黃昏和夜晚活動。它們起居的水體，常出現被咬斷后漂浮在水面的植物，在岸邊它們通過的跑道附近，有20-30mm長的深綠色糞便，堆放成堆。